L'institut a pour missions:

• La mise en œuvre des filières vétérinaires, de technologie et contrôle des produits alimentaires et de pêche et aquaculture.
• La formation de docteurs vétérinaires, d'ingénieurs technologues et de pêche compétents en vue de combler le déficit de cadres de conception et d'exécution dans ces domaines très importants pour le développement du pays.